棉花的產量及質量受病害的限制是十分明顯的，特別是棉花黃萎病，是棉花生產上危害嚴重的病害。在世界各個種植棉花的地區都有發生。這種病害一直困擾著我國棉花的生產，黃萎菌變異迅速，往往導致抗病品種的抗性喪失，使得黃萎病大面積流行。

　　過去人們主要通過分離培養、生物學測定和鑒別寄主法等常規方法對黃萎病菌進行研究，常規方法操作復雜、費時、特異性不高。進入20世紀80年代，隨著分子生物學，生物化學、免疫學等領域取得的巨大進步，尤其血清學、核酸技術的應用，為植物病原菌的快速檢測提供了許多新技術新方法，促進了植物病害的檢測技術飛速發展，目前運用于黃萎病菌鑒定上的技術主要有ELISA方法、RAPD分析、RFLP分析、AFLP分析、PCR鑒定等。植物病害檢測儀是近幾年對作物病害進行有效檢測的儀器之一。

　　通過核酸技術可以實現對黃萎菌類型快速的鑒定，并且受外界因素影響比較小。具有快速、準確、科學的特點。但也有它的局限性，如費用較高，限制了它的普及應用;目前其只能分出黃萎菌的表現型，不能夠確定菌株致病力的強弱等。在所有的鑒定方法中，鑒別寄主鑒定法是基本、有效的方法，其他方法由于只能區分類群間，如將黑白輪枝菌和大麗輪枝菌區分開或是將落葉型和非落葉型區分開，而在分析類群內的差異時則不顯著，所以只能作為輔助手段，終需要用鑒別寄主鑒定法去驗證。植物病害檢測儀在棉花黃萎病的檢測作用十分明顯。

　　總之，不同地區棉花黃萎病菌由于各自獨特的地理氣候條件，不同采集地的菌株可能存在一定的“地方性”特點。因此，在研究的過程中，將核酸技術與鑒別寄主法共同使用，可以提高鑒定結果的準確性，使鑒定結果更加準確完善。